Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Ingénieur·e d’études en bio-informatique génomique - Analyse de la recombinaison chez la tomate Dans le cadre du projet PEPR (Programme d’Equipement Prioritaire de Recherche) Sélection Végétale Avancée DIVEDIT (Promoting AgrobioDIVersity through genome EDITing) ayant pour but d’augmenter la diversité génétique dans les programmes de sélection par l'utilisation de l’édition du génome, l’UR GAFL (Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes) d’Avignon recrute un.e ingénieur.e d’Etudes en Bioanalyses et Bioinformatique pour une durée de 6 mois. La partie du projet développée au GAFL consiste à étudier l’effet de l’inactivation de gènes régulant la méiose sur la recombinaison génétique chez la tomate (Solanum lycopersicum). La personne recrutée viendra appuyer l’équipe en place pour l’analyse des prototypes (lignées) obtenues par approche d’édition du génome, et en cours d’analyse au laboratoire. Missions rattachées au poste : Votre mission consistera à analyser des données de séquençage (short read/ long read) pour caractériser les lignées utilisées ou produites afin : D’identifier les gènes introgressés, les variants structuraux et les polymorphismes nucléiques (SNP) dans les régions non recombinogènes Analyser les recombinaisons génétiques dans des contextes mutants De générer des jeux de données et des représentations graphiques en vue d’une publication en veillant aux bonnes pratiques (FAIR) de l’analyse des données. Votre rôle sera d’analyser les données générées en utilisant les outils appropriés et d’apporter des solutions analytiques à l’équipe de recherche avec laquelle vous collaborerez. Vous interagirez fréquemment avec les personnes du projet en charge de la partie moléculaire du projet, mais aussi avec l’équipe Informatique, Data et Bio-informatique. Activités principales : - Collecter, organiser et contrôler la qualité des données de séquençage génomique issues de lectures courtes et longues. - Réaliser l’alignement des séquences sur les génomes de référence et, si nécessaire, leur assemblage. - Détecter, filtrer, annoter et interpréter les polymorphismes nucléotidiques, les indels et les variants structuraux. - Identifier et caractériser les régions génomiques introgressées et les régions présentant une recombinaison réduite. - Analyser les événements de recombinaison génétique dans les lignées témoins et mutantes. - Mettre en œuvre, adapter et documenter des pipelines bio-informatiques reproductibles sur un cluster de calcul. - Réaliser des analyses de génomique comparative et produire des représentations graphiques destinées à l’interprétation des résultats et aux publications scientifiques.