Ingénieur-e en développement d'outils pour l'évaluation génomique

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), dont les recherches visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux pour analyser la construction des phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agroécologique. L'unité compte 115 permanents. Vous intégrerez une équipe pluridisciplinaire, spécialisée en génétique et génomique bovine (GBOS), regroupant des chercheurs et personnels techniques, travaillant sur des données à grande échelle issues de dispositifs expérimentaux et de terrain. L'unité est rattachée à l'Université Paris-Saclay et est membre de l'Institut Sciences Animales Paris-Saclay. Elle s'appuie sur un réseau de partenariat développé, avec les organismes professionnels de l'élevage, des centres de ressources, des plates-formes technologiques et des unités expérimentales. Vous identifierez et vous vous approprierez les outils et logiciels existants et développerez les outils manquants permettant d'intégrer de nouvelles données dans l'analyse du déterminisme génétique des caractères et l'évaluation génomique, à des fins de recherche mais aussi d'évaluation génétique. Le poste s'inscrit dans un contexte d'augmentation rapide des données biologiques disponibles (génomes, microbiote, épigénétique, environnement), nécessitant le développement d'outils adaptés pour leur intégration dans les analyses génétiques. L'objectif est d'améliorer les méthodes d'évaluation génomique et de mieux prendre en compte les interactions génotype x milieu, intégrer l'information de l'annotation des variants, du microbiote et des méthylations. Ce poste présente un fort enjeu scientifique et appliqué : contribuer à rendre les méthodes de prédiction génétique plus précises et robustes, afin de soutenir l'amélioration durable des animaux d'élevage. Vous participerez ainsi à des travaux ayant un impact direct sur les pratiques d'élevage et les performances des filières. Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes : Développement méthodologique et informatique - Identifier et prendre en main les outils et logiciels existants - Développer de nouveaux outils pour intégrer des données complexes (annotation des variants, microbiote, épigénétique, environnement) - Mettre en œuvre des solutions adaptées à des volumes de données importants Analyse de données et modélisation - Exploiter des jeux de données variés (phénotypes, génotypes, pedigrees, données environnementales) - Implémenter des évaluations génomiques intégrant différentes sources d'information - Évaluer les performances des modèles en termes de précision des prédictions Travail collaboratif et valorisation scientifique - Collaborer avec les membres de l'équipe et les partenaires scientifiques et techniques - Contribuer aux réflexions méthodologiques et aux projets de recherche de l'équipe