Ingénieur-e en analyse bioinformatique de séquences

Vous rejoindrez une équipe spécialisée dans l'analyse de données génomiques issues des animaux d'élevage. Composée d'ingénieur-e-s en bioinformatique, cette équipe accompagne les scientifiques dans l'exploitation de données omiques à grande échelle et contribue au développement de méthodes innovantes pour répondre aux enjeux de la recherche en génétique animale. Vous évoluerez dans un environnement favorisant les échanges entre spécialistes de la bioinformatique, de la génétique et des sciences du vivant au sein de l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI). Votre activité s'inscrira dans un contexte marqué par le développement rapide des technologies de séquençage et l'augmentation des volumes de données à traiter. Vous contribuerez à l'analyse de données issues de différentes espèces animales d'élevage, avec un intérêt particulier pour les technologies de séquençage long read et leurs applications en génomique. Ce poste constitue un levier important pour renforcer les capacités d'analyse génomique avancée, accompagner des projets de recherche d'envergure nationale et internationale et favoriser les collaborations entre bioinformatique, génétique moléculaire et génétique quantitative. Vos travaux contribueront directement à la production de connaissances et à leur valorisation scientifique. Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes : Analyse bioinformatique et développement d'outils - Concevoir, développer, évaluer et optimiser des pipelines d'analyse pour les données issues des technologies de séquençage long read - Mettre en œuvre et adapter des workflows standardisés pour des projets de recherche à grande échelle - Traiter des données génomiques massives : assemblage, annotation, détection de variants ponctuels et structuraux, construction de pangénomes - Développer et optimiser des pipelines dédiés au traitement de séquences génomiques bovines - Participer à l'interprétation des résultats et à leur valorisation scientifique Appui aux projets et gestion des données - Conseiller les équipes scientifiques dès la conception des projets sur les plans expérimentaux, les choix méthodologiques et les ressources de calcul - Accompagner la mise en œuvre des analyses bioinformatiques adaptées aux besoins des projets - Contribuer à l'organisation, à la structuration et à la pérennisation des données et métadonnées sur les infrastructures de calcul et les entrepôts de données - Participer à des projets collaboratifs nationaux et internationaux Formation et animation scientifique - Former et accompagner les utilisateurs aux outils et aux bonnes pratiques en bioinformatique - Assurer une veille sur les évolutions technologiques et méthodologiques du domaine - Contribuer au partage et au transfert de compétences au sein de l'unité et du réseau métier en bioinformatique Vous interagirez quotidiennement avec des chercheur-ses, ingénieur-es et doctorant-es et participerez activement à la dynamique collective des équipes et du réseau national de bioinformatique (CATI Bios4Biol).