Doctorant(e) en microbiologie

Votre mission :Ce projet s’intéresse à l’adaptation de Oenococcus oeni aux changements de son environnement dans un contexte de réchauffement climatique. Cette bactérie lactique garantit le bon déroulement de la FML qui conditionne la qualité organoleptique et la stabilité microbiologique de nombreux vins. L’efficacité fermentaire de O. oeni est directement impactée par la hausse des températures qui accélère la maturité des raisins, ce qui augmente le taux de sucre des moûts et le degré alcoolique des vins. Ce projet veut répondre aux enjeux de durabilité et d'adaptation des filières agroalimentaires face au changement climatique en sécurisant un procédé de transformation clé pour la filière vitivinicole française par l’apport de connaissances et de ferments « climato-résilients ». L’objectif est d’identifier les mécanismes moléculaires en lien avec la tolérance de O. oeni à la présence d’éthanol. Pour cela une expérience d’évolution adaptative sera mise en œuvre afin de forcer la tolérance de cette bactérie lactique à l’éthanol et de comprendre les mécanismes moléculaires de l’acquisition de cette tolérance. L’hypothèse étant que les mutations fixées rendent compte de modifications structurales et/ou métaboliques essentielles permettant une meilleure tolérance de O. oeni à l’éthanol. Les données de génomique comparative permettront d’orienter la caractérisation phénotypique des populations évoluées. L’analyse global du profil métabolique en condition œnologique permettra également de mettre en évidence une possible réorientation des flux permettant à la cellule de faire face au stress éthanol tout en maintenant l’homéostasie cellulaire. La membrane cytoplasmique étant une des premières barrières de la cellule avec son environnement, la composition lipidique membranaire sera particulièrement considérée.

Agent contractuel de catégorie A CDD de 36 mois à pourvoir à compter du 01/10/2026 Temps de travail 100% Salaire mensuel brut : 2 300 € Vos missions: - BLOC 1 : Comparaison génomique des populations évoluées versus souches ancestrales afin de localiser les mutations fixées conférant une meilleure tolérance des populations à l’éthanol (Didier Hocquet, Chrono-environnement). - BLOC 2 : Performance fermentaire et métabolome post-évolution. - BLOC 3 : Métabolome post-évolution. La comparaison de l’empreinte métabolique (endo & exo-métabolome) en fin de FML entre les fermentations conduites par les populations évoluées et les souches ancestrales permettra de déterminer l’impact du procédé d’évolution sur le profil des métabolites du vin et la réorientation des flux (analyse par ultra haute résolution masse spectrométrie, collaboration Philippe Schmitt-Kopplin, TUM, Allemagne). - BLOC 4 : Analyse de la composition lipidique membranaire (collaboration Florence Dubois-Brissonnet, SayFood, AgroParis Tech, INRAé). - BLOC 5 : Transcriptomique. Une analyse transcriptomique sera mise en œuvre pour rendre compte de l’impact des mutations acquises au cours l’évolution sur l’expression globale du génome (collaboration Ramon Gonzales & Maria de Toro Hernando, ICVV, Espagne Savoirs : - Bonnes connaissances théoriques en microbiologie, biochimie et biologie moléculaire ainsi qu’en analyse du transcriptome et interprétation des flux métaboliques. Savoir-faire : - Bonne maitrise pratique dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire. Champ relationnel du poste Cette mission scientifique sera réalisée en partenariat avec l’UMR SayFood (AgroParisTech INRAE) et la plateforme de recherche régionale FROMEX rattachée à l’UMR PAM. L’encadrement sera assuré par Cosette Grandvalet (UMR PAM) et Chloé Roullier Gall (UMR PAM) en collaboration avec Florence Dubois-Brissonnet (UMR SayFood) et Noëmie Pascault (FROMEX).

Dépôt des candidatures par messagerie uniquement à : [email protected] - CV nommé : NOM_Prénom_CV - lettre de motivation nommée : NOM_Prénom_LM IMPORTANT : noter la référence du poste CSP 2026-2402251 sur votre lettre de motivation