Ingénieur / ingénieure d'études en Bio-informatique

ACTIVITÉS PRINCIPALESLa candidate ou le candidat retenu sera responsable de la gestion et du traitement bio-informatique des données, notamment du type « Next Generation Sequencing » (NGS), issues de plusieurs projets de l’équipe et ponctuellement venir en appui aux projets des autres équipes de l'UMR. Elle ou il devra utiliser et développer des pipelines bio-informatiques pour le traitement des librairies produites par des méthodes de type Whole Genome Sequencing (Illumina sort-reads), long read sequencing (PacBio et ONT), Hi-C sequencing, ou transcriptomique (long et short reads). Outre le traitement bio-informatique, elle ou il devra également analyser les données produites et présenter et interpréter les résultats dans leur contexte scientifique. Ces investissements se traduiront notamment par la co-signature des articles scientifiques de l’équipe. En termes de gestion des données, la personne recrutée devra coordonner la sauvegarde des données « omics » sur les serveurs de l’EPHE-PSL en accord avec la direction des systèmes d’information de l’EPHE-PSL.

COMPÉTENCES REQUISES Savoirs - Maîtrise de l’analyses de données « omics », - Connaissances au moins superficielles des différences techniques de séquençage NGS, et surtout des données produites par ces méthodes, - Connaissance du système d’exploitation GNU/Linux ou autre Unix-like, - Connaissance d’au moins un langage de programmation utilisé en analyse de données (R, Python, Perl, Julia, …). - Connaissance de la syntaxe d’un shell en ligne de commande (notamment bash, zsh ou fish, et les programmes GNU comme sed ou awk) - Connaissance de plusieurs logiciels dédiés à l’analyses des données NGS : BWA, SAMtools, GATK, PICARD, ANGSD, Hifiasm…. - Facultatif : connaissance de logiciels pour l’analyse des données précédemment filtrés (fastsimcoal, Beast, LEA, ADMIXTURE entre autres) - Connaissance des bonnes pratiques du cycle de la donnée et des principes FAIR. - Anglais, lu et écrit. Savoirs-faire - Utiliser des pipelines déjà existant en ligne de commande et les modifier si nécessaire pour le traitement de données de type NGS dans le cadre des projets menés par l’équipe. - Traiter des gros jeux de données en travaillant sur un cluster informatique. - Organiser le traitement des jeux de données selon les bonnes pratiques au sein d’une équipe de recherche. - Interpréter les résultats des analyses dans leur contexte scientifique. - Rédiger en anglais les parties des articles scientifiques en lien avec les données analysées. - Facultatif : analyser statistiquement les données obtenues à l’aide d’un langage de programmation (R, Python, Julia…) et/ou à partir de programmes existants pour des analyses plus spécialisées de génétique des populations ou phylogénie. Savoirs-être - Excellente capacité relationnelle. La candidate ou le candidat retenu sera amené à travailler en groupe et à communiquer ses avancements sur une base régulière. - Esprit d’initiative et autonomie. - Rigueur et sens de l’organisation. FORMATIONS ET EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE SOUHAITABLES - Niveau master 2 ou équivalent pour les mentions suivantes : Bio-Informatique, Mathématique appliquée et statistiques, Sciences du vivant, Biodiversité Écologie et Évolution. Des expériences antérieures dans un laboratoire de recherche sur des projets d’analyse de données, spécifiquement de bio-informatique, seront considérées favorablement.